某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。这个敌人的相貌竟然跟Keroro无太大分别，并且准备好带着优秀的部下，开始展开侵略世界各地。Keroro小队这次，将为了蓝星的命运而战。

莉娜和娜卡正优闲自在地在可尔多伦城市内享受美食，一群龙之集团突然出现在她们的面前。率领龙之集团的美少女玛蕾妮和可尔多伦的士兵们展开对决，莉娜她们就这么不知所以然地被卷入这场骚动。不过，龙之军团却在莉娜要施展攻击魔法时全数逃之夭夭。卡伯特城的领主卡伯特召见她，并述说事件的起因。因为看到莉娜的身手如此厉害，便拜托她帮忙，只要将其爱女玛蕾妮带回，就付赏金200枚金币。但其实这一次骚动的原因是他的女儿要求提高零用钱不成所引起的。同一时刻，玛蕾妮付给娜卡日薪，请她协助打倒她的父亲。到了隔天，事态的演变却越来越严重…