击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱

基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」

变形联盟和海澄合力击败敌人，平溪市再次回归和平。然而时空能量异常波动情况却愈演愈烈，导致现实世界与平行宇宙发生交错产生了时空歧点，时空兽也随之出现。就在变形联盟忙于对付时空兽修复时空歧点时，茜卡与双子

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列

虫族卷土重来，对平溪市展开新一轮的资源掠夺和侵袭行动。面对危机，变形联盟再次挺身而出，与虫族展开战斗。另一边，来自浩肯星的新威胁也来到了地球，使局势更为混乱。面对愈加强大的虫族和强大的母星敌人，腹背受敌的变形联盟该如何面对这次的危机?

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。基因石能量不但引出东山再起的虫族，浩肯星人也来到地球抢夺基因石能量。虫兽吸收基因石能量，变得更难对付：独角仙兽吸取金属能量，原本坚硬的外壳变得更加无坚不摧；蜻蜓兽吸收高压电能量，成为能放电攻击的雷霆蜻蜓。加上浩肯星方面火力强大，让变形联盟陷入苦战。