《Sacred Seven》的故事舞台设定在一个港口城市中，故事围绕着含有其中特别力量的原石Sacred Seven所展开，其中，能自我控制或抑制力量的爆发或使用，代表正义的力量是“善石”；而任由能量暴走的代表邪恶的怪物则是“恶石”。（“恶石”条件具备时也可能转化“善石”） 某一天，在一直孤单地一人生活的男主角丹童子阿尔玛面前，突然出现了一位带领著管家和女仆的少女蓝羽瑠璃。蓝羽希望能借用丹童子的Sacred Seven“恶石”力量。但是，害怕曾经因自身Sacred Seven“恶石”力量“暴走”而伤人的

丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的