某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者也就是多美子的父亲金有增藏给绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来都市。　　到达未来的他们立刻开始寻找已经成年的小新，可是却遭到了金有增藏派出的刺客袭击。小新能否成功救出未来的自己呢？他能顺利和多美子喜结良缘吗？“Neo Tokio”能重夺光明美好未来吗？现在，小新的自我拯救行动就要开始了！

某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世