星历4088年,人们引起了星系间的危机，失去了大多数的惑星。残存于星间殖民地的人类，将希望寄托在仅存唯一的惑星"ZION"上，但是ZION却被不明的外星生物"牺牲者"(威克提姆 Ｗｈｉｇｔｏｍ)所威胁，人们只好使用巨大的机械人型兵器"女神"(英格莉德 Ａ·Ｈ·Ｗ)来对抗威克提姆。但是女神的驾驶员必须要拥有超越常人的特殊能力(EX)，工作十分辛苦，任期又十分短暂，所以便有了女神的驾驶员训练中心&

公历2061年，日本被4个世界主要经济圈分割统治、支配，第二季

———— 身長差15メートルの恋　　未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は　　巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。　　再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや　　人型戦闘兵器・衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。　　あれから10年－。　　シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。