公元337年的东晋时期，门第风气极盛，三品官家祝氏为了巩固朝中地位攀附权贵，将独生女儿祝英台许配马氏太守，因为担心无心向学的女儿失礼于人，遂叫她女扮男装来到书院好好进补，因书院均是男儿，祝氏夫人拜托院长夫人对爱女特别关照。在书院，祝英台结识出身贫寒但苦心向学的梁山伯，因情义相投，两人相交甚笃，日日相对中，祝英台的女儿身被梁山伯识破，两人相爱。自此梁山伯更加发奋读书，期望取得功名后将祝英台迎娶进门，然而门第的隔膜终难消除。

梁山伯与祝英台是一对表姊妹。她俩的住客阿Ben突然离奇死去。梁及男友装帅等正研究他的死因和善后。有一名阿Sam自称是阿Ben之弟来领取阿Ben遗物，二女准其暂住。二女忽被杀手大蟒蛇等掳去囚在一木厂，逼她交出阿Ben遗物，阿Sam和装帅赶至将她俩救出。二人回到家中发现一写满经文的玉便报警，不久来了一个徐督察，把她俩引至僻静地方，逼她们交出玉，原来她是大盗，亦是杀死阿Ben的杀手。她还透露阿Sam才是警方人员。二女乘她不备和她拼命，经过一番激烈打斗，二女终将徐制服，交给刚赶到的阿Sam送往法办。

佐敦（吴镇宇饰）因为欠下元朗大哥新界安（任达华饰）十多万赌债，被迫逃跑。而同一时刻，孤女Judy（吴君如饰）也带着行李离开丈夫，返回元朗。

佐敦（吴镇宇饰）因为欠下元朗大哥新界安（任达华饰）十多万赌债，被迫逃跑。而同一时刻，孤女Judy（吴君如饰）也带着行李离开丈夫，返回元朗。

该片讲述了女扮男装的祝英台在求学途中与梁山伯日久生情，两人试图寻求自由恋爱的道路、冲破封建世俗的枷锁，但无奈以悲剧结尾，两人的爱情感动了上天，最终以化蝶的方式成全了这对璧人。其中梁山伯性格正直善良，自书院与祝英台结下情愫，自此便痴心一片非她不娶，却因祝家反对婚事，最终抑郁成疾，不久身亡，最终与祝英台一同化蝶，双宿双飞。